Năm 1988, Chùa Cổ Lễ được Bộ Văn hóa xếp hạng di tích quốc gia. Ngày 11/9/2025, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 1959/QĐ-TTg, xếp hạng Di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật Chùa Cổ Lễ là di tích quốc gia đặc biệt.

Bên cạnh di tích vật thể, Lễ hội Chùa Cổ Lễ cũng đã được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đưa vào Danh mục di sản văn hóa phi vật thể quốc gia theo Quyết định số 472/QĐ-BVHTTDL ngày 06/3/2023.

Theo hồ sơ tư liệu của Cục Di sản văn hóa và các tài liệu địa phương, Chùa Cổ Lễ có lịch sử hình thành và phát triển từ thời Lý. Các thư tịch và truyền thống địa phương gắn việc khởi dựng chùa với Quốc sư Nguyễn Minh Không. Trên quả chuông đúc năm Cảnh Thịnh thứ 7 (1799) còn lưu tại chùa có bài minh đề cập đến Thánh Tổ và việc dựng chùa Thần Quang, cung cấp một nguồn tư liệu về lịch sử của ngôi chùa và sự phụng thờ Nguyễn Minh Không tại Cổ Lễ.

Theo truyền thuyết được lưu giữ tại địa phương, ngôi chùa ban đầu nằm ở khu vực làng Cổ Lĩnh, gần sông Hồng. Sau khi Thiền sư Nguyễn Minh Không đến đây, chùa được tu bổ và mở rộng. Năm Tân Hợi 1611, một trận lũ lớn gây sạt lở, ảnh hưởng nghiêm trọng đến công trình. Trong niên hiệu Hoằng Định (1601–1619), người dân địa phương dựng lại chùa và tiếp tục sử dụng tên Thần Quang tự. Những nội dung về vị trí ban đầu và hoạt động của Nguyễn Minh Không tại đây được truyền lại trong các nguồn tư liệu và truyền thuyết địa phương, cần được phân biệt với các hạng mục kiến trúc hiện tồn.

Diện mạo Chùa Cổ Lễ hiện nay chủ yếu được hình thành qua quá trình kiến tạo và trùng tu từ đầu thế kỷ XX. Năm 1902, Hòa thượng Phạm Quang Tuyên về trụ trì. Dưới sự chủ trì của ông và các thế hệ tăng ni kế tiếp, nhiều công trình được xây dựng, tu bổ và hòan thiện, gồm chính điện, hội quán, đền Thánh, phủ Mẫu, các công trình phụ trợ và hệ thống tháp.

Chùa Cổ Lễ thờ Phật đồng thời thờ Thiền sư Nguyễn Minh Không, một Quốc sư nổi tiếng dưới triều Lý. Các nguồn sử liệu thời Nguyễn được dẫn lại trong tư liệu nghiên cứu về di tích cho biết Nguyễn Minh Không quê ở vùng Gia Viễn, từng chữa bệnh cho vua Lý Thần Tông và được triều đình phong Quốc sư.

Không gian thờ tự tại chùa được tổ chức theo nguyên tắc thường được gọi là “tiền Phật, hậu Thánh”. Tại chính điện, khu vực thờ Phật và cung thờ Thánh Tổ Nguyễn Minh Không được tổ chức trong cùng một tổng thể kiến trúc nhưng phân thành các tầng, cấp không gian khác nhau. Ngoài ra, trong quần thể còn có Linh Quang từ, thờ Hưng Đạo Đại vương Trần Quốc Tuấn cùng hai nhân vật khoa bảng của vùng Cổ Lễ là Đào Toàn Bân (Đào Toàn Phú) và Trạng nguyên Đào Sư Tích.

Chùa Cổ Lễ là một quần thể gồm nhiều hạng mục bố trí chủ yếu theo hướng Đông – Tây. Các công trình chính gồm Tháp Cửu phẩm liên hoa, cầu cuốn, Tam quan, Hội quán Phật giáo, Linh Quang từ, Phủ Mẫu, Tả sơn kiều, Hữu sơn kiều, chùa Chính, nhà Tổ, nhà Giảng đường, Phương đình, gác chuông Kim Chung Bảo Các và vườn tháp.

Tài liệu nghiên cứu công bố năm 2026 cho biết mặt bằng toàn bộ quần thể gồm nhiều tòa và gian kiến trúc được xây dựng, bổ sung qua nhiều giai đoạn. Điểm đáng chú ý trong kiến trúc Chùa Cổ Lễ là sự hiện diện đồng thời của kết cấu và trang trí truyền thống Việt Nam với các yếu tố kiến trúc Gothic phương Tây, đặc biệt thể hiện ở hệ thống vòm cuốn của chùa chính.

Tháp Cửu phẩm liên hoa nằm ở phần đầu của trục kiến trúc, được xây giữa hồ nước. Theo hồ sơ của Cục Di sản văn hóa, tháp cao 26,30m, có mặt bằng bát giác và gồm một tầng đế, chín tầng hoa sen và một tầng đỉnh. Phần nền tạo hình một con rùa lớn nằm giữa hồ; trên thân tháp bố trí các tầng hoa sen thu nhỏ dần theo chiều cao.

Bên trong tháp có một cột trụ tròn làm kết cấu chịu lực chính. Xung quanh cột là hệ thống 64 bậc thang xoắn lên phía trên; trên đỉnh đặt tượng Phật A Di Đà bằng đồng. Các mặt tháp còn có hệ thống trang trí rồng, hoa sen, chữ Hán và nội dung liên quan đến Phật giáo.

Chùa chính là khu vực thể hiện rõ sự kết hợp giữa kiến trúc truyền thống và các yếu tố Gothic. Công trình gồm nhiều tòa ngang và dãy dọc liên kết thành một khối; các bộ phận chính gồm Tiền đường, Thiêu hương và Thượng điện. Hệ thống tường, cột và mái sử dụng kỹ thuật cuốn vòm; vật liệu được ghi nhận gồm gạch, vôi, cát và mật mía.

Không gian bên trong có các mái vòm cao, hệ thống cột chịu lực và các mảng trang trí trên trần. Trong tổng thể này, các yếu tố kiến trúc phương Tây được kết hợp với mái, họa tiết rồng, hoa sen, đồ án trang trí và hệ thống tượng thờ của Phật giáo Việt Nam.

Kim Chung Bảo Các nằm ở phía sau quần thể. Công trình có mặt bằng vuông, gồm ba tầng, cao khoảng 13m. Các tầng thu nhỏ dần về phía trên, mái lợp ngói, bốn góc mái tạo đao cong và trang trí các hình tượng liên quan đến Phật giáo.

Tại đây lưu giữ nhiều chuông đồng thuộc các thời kỳ khác nhau, trong đó có chuông niên hiệu Cảnh Thịnh 7 (1799) và những quả chuông được đúc trong thế kỷ XX–XXI.

Một hiện vật gắn liền với Chùa Cổ Lễ là quả Đại Hồng Chung do Hòa thượng Thích Thế Long chủ trì đúc năm 1936. Theo hồ sơ tư liệu, chuông cao khoảng 4,2m, đường kính hơn 2m, thành dày khoảng 8cm và có khối lượng khoảng 9.000kg. Việc đúc chuông do những người thợ đồng Ngũ Xã, Hà Nội thực hiện.

Trong thời kỳ kháng chiến, để tránh nguy cơ bị phá hủy hoặc chiếm dụng, chuông từng được đưa xuống hồ trong khuôn viên chùa. Sau năm 1954, chuông được đưa lên và bảo quản tại di tích.

Ngoài Đại Hồng Chung, Chùa Cổ Lễ còn lưu giữ chuông “Thần Quang tự chung” đúc năm 1799 cùng một hệ thống chuông được tạo tác trong các giai đoạn sau.

Chùa Cổ Lễ hiện lưu giữ một hệ thống hiện vật thuộc nhiều loại hình và niên đại khác nhau. Theo tài liệu nghiên cứu hồ sơ di tích, tại chùa còn có hàng trăm bia đá, bao gồm bia ghi việc xây dựng, tu sửa chùa, bia liên quan đến Nguyễn Minh Không và các bia ghi danh người công đức.

Trong số đó có bia “Thần Quang tự bi minh”, tạo tác năm Cảnh Hưng thứ 8 (1747), ghi chép về chùa Thần Quang và sự phụng thờ Nguyễn Minh Không; bia “Nhị Đào công từ bi minh” khắc năm Tự Đức thứ 9 (1856), liên quan đến Đào Toàn Bân và Đào Sư Tích.

Hệ thống tượng thờ của chùa gồm tượng Phật, tượng Thánh Tổ và tượng các vị Tổ. Trong đó, tượng đồng Nguyễn Minh Không tại cung Thánh Tổ được tư liệu bia ký xác định đúc vào năm Chính Hòa thứ 23 (1702). Chùa còn lưu giữ tượng Phật Thích Ca bằng gỗ, hệ thống đồ thờ, pháp khí và nhiều tư liệu liên quan đến lịch sử hình thành, tu bổ và sinh hoạt tôn giáo của di tích.

Chùa Cổ Lễ còn gắn với một sự kiện trong những năm đầu của cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp. Ngày 27/2/1947, tại chùa tổ chức lễ phát nguyện để 27 tăng ni rời cửa Phật, gia nhập lực lượng kháng chiến. Những người tham gia sau đó trở thành lực lượng được gọi là Trung đội hoặc Đội Nghĩa sĩ Phật tử.

Các tư liệu về di tích cho biết từ năm 1947 đến năm 1981, có tổng cộng 35 tăng ni của chùa và khu vực liên quan tham gia quân đội qua các thời kỳ; trong số đó có 12 người hy sinh. Khuôn viên Chùa Cổ Lễ hiện có các công trình tưởng niệm những tăng ni đã tham gia kháng chiến.

Chùa cũng gắn với hoạt động của Hòa thượng Thích Thế Long, người từng tham gia hoạt động cách mạng và sau này đảm nhiệm nhiều vị trí trong các tổ chức Phật giáo và cơ quan nhà nước.

Lễ hội truyền thống Chùa Cổ Lễ được tổ chức vào tháng Chín âm lịch hằng năm, tập trung từ ngày 13 đến ngày 16, nhằm tưởng niệm Đức Thánh Tổ Nguyễn Minh Không. Trong dân gian, lễ hội còn được gọi là “Hội Ông”.
Phần lễ có các nghi thức dâng hương, rước và tế, với sự tham gia của cộng đồng địa phương. Phần hội duy trì nhiều họat động và trò diễn dân gian như múa chầu rối, bơi chải, tổ tôm điếm cùng một số sinh họat văn hóa truyền thống khác. Trong đó, bơi chải trên sông và hệ thống thuyền chải được lưu giữ tại chùa là một thành tố gắn với lễ hội qua nhiều thế hệ.

Ngày 06/3/2023, Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch ban hành Quyết định số 472/QĐ-BVHTTDL, đưa Lễ hội Chùa Cổ Lễ, thị trấn Cổ Lễ, huyện Trực Ninh, tỉnh Nam Định vào Danh mục di sản văn hóa phi vật thể quốc gia, loại hình lễ hội truyền thống.

Ngày 18/01/1988, Chùa Cổ Lễ được Bộ Văn hóa xếp hạng di tích cấp quốc gia theo Quyết định số 28/QĐ-VH, thuộc loại hình lịch sử và kiến trúc nghệ thuật.

Đến ngày 11/9/2025, tại Quyết định số 1959/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ xếp hạng Di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật Chùa Cổ Lễ, xã Cổ Lễ, tỉnh Ninh Bình là di tích quốc gia đặc biệt, đợt 18 năm 2025.