Di tích chùa Thanh Lâm trước kia thuộc làng Nguyên Xá, xã Minh Khai, huyện Từ Liêm, Hà Nội, nay thuộc Nguyên Xá, phường Xuân Phương, Hà Nội. Nguyên Xá là một làng cổ nằm trên địa bàn sinh tụ chính của cư dân Việt cổ thời Hùng Vương. Chùa Thanh Lâm có nhiều gắn bó với sự kiện, nhân vật lịch sử thời Tây Sơn. Nếu tên chùa được hiểu theo lối "chiết tự" sẽ dẫn đến sự suy diễn đơn giản rằng chùa được bao quanh bởi một khu rừng cây xanh tươi tốt.